Во время Великой Отечественной войны здание Гостиного двора серьёзно пострадало от артобстрелов и бомбёжек. Конкурс проектов его восстановления начали проводить ещё во время блокады — в 1942 г. В 1945–1948 гг. Гостиный двор был отреставрирован.

Послевоенное восстановление здания велось по проекту и под руководством известного ленинградского архитектора Олега Леонидовича Лялина. Фасады вновь обрели вид, близкий к плану архитектора Деламота (автора окончательного проекта Гостиного двора, принятого около 1760 г.), над главным портиком был сооружён новый фронтон, декорированный глубокими барельефами. По Невскому проспекту вдоль главного фасада здания была высажена липовая аллея.

14 октября 1948 года постановлением Совета Министров СССР Гостиный двор был признан памятником архитектуры, подлежащим государственной охране.

В 1955–1967 годах была проведена новая реконструкция Гостиного двора. Архитекторы И. А. Вакс и Л. С. Катонин и инженер М. И. Юношев (институт «Ленпроект») превратили изолированные до того магазины в сквозную анфиладу. На смену 178 магазинам пришел единый универмаг «Гостиный двор» — главный универмаг Ленинграда.

3 ноября 1967 года в здании была открыта станция метро. Наземный вестибюль, встроенный в здание универмага, выполнен по проекту архитекторов А. К. Андреева, Я. Е. Москаленко и инженера С. П. Щукина. Из вестибюля можно попасть в торговые залы Невской и Садовой линий. Над эскалатором расположен витраж (художник А. Л. Королёв), на котором изображён расстрел июльской демонстрации 1917 года на перекрёстке Садовой улицы и Невского проспекта.